Действие аниме происходит в Японии в 2039 году, спустя 10 лет после того как Вирус Апокалипсис опустошил земли в день, который теперь называют "Потерянное Рождество". Международная корпорация известная как GHQ берет страну под свой контроль ценой суверенитета Японии. Однажды, нелюдимый 17-летний школьник по имени Шу Оума встречает Инори Юдзуриа, певицу, которая состоит в рядах сил сопротивления.

Секретные территории это цикл документальных расследований (из проекта РЕАЛЬНОСТЬ) о наиболее драматических событиях современности и её знаковых фигурах: деятельность спецслужб, тайные страницы истории, уникальные архивы, новые разработки, фантастические явления, которым нельзя найти объяснение (аномальные зоны, вещие сны, сверхъестественные способности человека и НЛО)… Сюжеты большинства программ — это сенсация или переворот. Своими секретами с авторами фильмов делятся политики, сотрудники спецслужб, бизнесмены и прочие участники событий. Объект программ — парадоксальные события, оставившие след в нашей истории, а также тайные пружины, которые подчас приводят в действие механизм нашей жизни.