Марс, 2170 год — с момента окончания событий Red Faction: Guerrilla, предыдущей игры серии, прошло 50 лет. Тогда силам сопротивления и их союзником удалось отстоять свою свободу и установить на планете мир и спокойствие. Однако длились они недолго. В результате техногенной катастрофы жить на поверхности Марса больше стало невозможно, и колонистам пришлось переселиться в единственное безопасное место — подземные пещеры.

Силы защиты Земли потерпели поражение и после многовекового угнетения Марс наконец освобожден. Некоторое время там царило спокойствие. Тем не менее из пепла восстал Адам Хейл, закаленный годами борьбы, жаждущий отомстить Красной фракции. Его цель — то, что предоставляет жилье тысячам колонистов на Марсе — Терраформер.

Дарий Мэйсон становится свидетелем гибели жизни на поверхности Красной Планеты, лишенной кислорода стараниями ренегатов. Колонисты вынуждены искать спасения под землей, не подозревая о страшной угрозе, поджидающей человечество в марсианских недрах.

Сюжет "Red Faction: Armageddon" разворачивается на Марсе через полсотни лет после окончания событий "Red Faction: Guerrilla", третьей игры серии. Терраформер, который регулировал климат на планете, поддерживая атмосферу, был уничтожен, что привело к дестабилизации климата до такой степени, что сделало невозможным пребывания людей на поверхности планеты. Колонисты создали разветвленную сеть подземных сооружений, куда и переселились с поверхности планеты.