Герой, прославившийся более 20 годов назад в игре Bionic Commando образца 1988 года, возвращается! Участь безжалостно обошлась с Натаном Спенсером. Одержав нелегкую победу над недругами собственного государства, он оказался не нужен собственному правительству. Не говоря уже о том, что, власти узрели в Натане опасность и приняли решение избавиться от него — бойца обвинили в правонарушениях, которых он не совершал, и приговорили к смерти.